El Instituto IMDEA Agua cuenta con infraestructuras científicas de alto nivel para desarrollar sus actividades de investigación y también para ofrecer los siguientes servicios analíticos:

• Control de calidad de aguas y suelos
• Cromatografía y espectrometría de masas
• ICP-MS
• Microbiología

El Instituto cuenta con la herramienta informática @LIMS (Laboratory Information Management System), que permite la gestión de las técnicas instrumentales y experimentos del laboratorio, permitiendo la total trazabilidad y reproducibilidad en los análisis realizados.